Nel 1987, nel cuore del centro urbano di Modica, in via Grimaldi n. 89, il compianto Prof. Duccio Belgiorno scoprì casualmente una grotta artificiale sulle cui pareti si intravvedevano tracce di intonaco dipinto. La scoperta fu segnalata alla Soprintendenza Archeologica di Siracusa che avviò una serie di indagini. Si evidenziarono subito una serie di sovrapposizioni edilizie, dai seicento al secolo scorso, che avevano obliterato l'esistenza di una vera e propria chiesetta rupestre.

La chiesa rupestre doveva essere intitolata a S. Nicola.

    "La chiesetta rupestre di S. Nicolò inferiore di Modica rappresenta per l'impianto architettonico, per i cicli pittorici, per i tipi iconografici, per le complesse trasformazioni e per il tipo di culto nella storia religiosa e urbanistica della città di Modica un unicum nel panorama della Sicilia medievale." (G. Di Stefano)